Desequilibrios das Anomalias Cromossômicas podem levar a diferentes distúrbios genéticos e câncer. Array CGH pode ser usado para identificar desequilíbrios em um genoma inteiro com maior resolução do que os métodos microscópicos tradicionais.
As aberrações acima podem estar correlacionadas com regiões do genoma que podem ser úteis na identificação da origem primária do tumor.